τάφος του Τζενγκίς Χαν
Οι φυλές της δυναστείας Τζιν νικήθηκαν από τους Μογγόλους, που στη συνέχεια κατανίκησαν τους Νότιους Σονγκ σε ένα μακροχρόνιο και αιματηρό πόλεμο, τον πρώτο στον οποίο τα πυροβόλα όπλα έπαιξαν σημαντικό ρόλο. Τα χρόνια μετά τον πόλεμο, που αργότερα ονομάστηκε Μογγολική Ειρήνη, ριψοκίνδυνοι Δυτικοί όπως ο Μάρκο Πόλο ταξίδεψαν απ' άκρη σ' άκρη στην Κίνα και έφεραν τις πρώτες αναφορές για τα αξιοθαύμαστά της στην Ευρώπη. Επί δυναστείας Γιουάν, οι Μογγόλοι διαιρέθηκαν σ' αυτούς που ήθελαν να παραμείνουν στις στέππες και σ' εκείνους που ήθελαν να υιοθετήσουν τις συνήθειες και τα έθιμα των Κινέζων.
Ο Κουμπλάι Χαν, εγγονός του Τζενγκίς Χαν, θέλοντας να υιοθετήσει τα έθιμα της Κίνας, ίδρυσε τη δυναστεία Γιουάν. Ήταν η πρώτη δυναστεία που κυβέρνησε ολόκληρη την Κίνα, έχοντας ως πρωτεύουσα το Πεκίνο. Το Πεκίνο είχε παραδοθεί στους Λιάο το 938 μαζί με τις Δεκαέξη Νομαρχίες του Γιαν Γιουν. Πριν από αυτό υπήρξε η πρωτεύουσα των Τζιν, που όμως δεν κυβέρνησαν ολόκληρη την Κίνα.
Πριν από την επιδρομή των Μογγόλων, οι κινεζικές δυναστείες λέγεται ότι είχαν 120 εκατομμύρια υπηκόων. Μετά από την ολοκλήρωση της κατάκτησης, που σημειώθηκε το 1279, στην απογραφή του 1300 ανέφερονται περίπου 60 εκατομμύρια κάτοικοι. Η επιδημία πανούκλας (Μαύρος Θάνατος), του 14ου αιώνα, εκτιμάται ότι αφάνισε περίπου το 30% του κινεζικού πληθυσμού.